首個(gè)植物重復(fù)基因數(shù)據(jù)庫揭示多樣性奧秘
2019-02-26 15:36:05? ?來源:中國新聞網(wǎng) 責(zé)任編輯:吳靜 吳靜 |
科技日報(bào)訊 (記者張曄 通訊員許天穎)在千百萬年的進(jìn)化中,植物為何變得多姿多彩?一個(gè)重要因素就是植物會復(fù)制自己基因,實(shí)現(xiàn)物種分化和多樣性。南京農(nóng)業(yè)大學(xué)張紹鈴教授團(tuán)隊(duì)通過鑒定梨等141種植物基因組中不同類型重復(fù)基因,構(gòu)建了世界首個(gè)植物重復(fù)基因數(shù)據(jù)庫,揭示了重復(fù)基因進(jìn)化的普遍規(guī)律。該成果近日在線發(fā)表于著名學(xué)術(shù)期刊《基因組生物學(xué)》。 以往的研究發(fā)現(xiàn),有的植物有復(fù)制自己基因的功能?;驈?fù)制后,植物不僅能抵御外界復(fù)雜多變的環(huán)境,還能增加進(jìn)化變異的機(jī)會。 近年來,越來越多的植物基因組被破譯。目前已經(jīng)完成全基因組測序的植物超過200種。但是,仍缺乏一個(gè)具有廣泛適用性的鑒定不同種類植物重復(fù)基因的方法。該團(tuán)隊(duì)在系統(tǒng)鑒定梨基因組中重復(fù)基因的基礎(chǔ)上,開發(fā)了一個(gè)具有普遍適用性的生物信息學(xué)方法,用于鑒定不同種類植物基因組中的重復(fù)基因。 他們深入分析發(fā)現(xiàn),在植物漫長的進(jìn)化過程中,基因串聯(lián)復(fù)制和鄰近復(fù)制始終保持較高的發(fā)生頻率,為植物適應(yīng)復(fù)雜多變的外界環(huán)境提供了源源不斷的遺傳變異材料。并且,基因組加倍發(fā)生后的較短時(shí)間內(nèi),重復(fù)基因之間發(fā)生高頻率的基因置換,隨著時(shí)間的推移,重復(fù)基因之間會發(fā)生廣泛的時(shí)空表達(dá)分化。 此外,該團(tuán)隊(duì)通過大規(guī)模收集整合國內(nèi)外植物基因組數(shù)據(jù)資源,構(gòu)建了世界首個(gè)植物重復(fù)基因數(shù)據(jù)庫,目前已收錄141種完成基因組測序的植物,并將拓展為植物相關(guān)的所有類別。該數(shù)據(jù)庫將為深入研究重復(fù)基因的進(jìn)化機(jī)制提供寶貴的數(shù)據(jù)資源。 |
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