然而，新總統(tǒng)穆爾西上臺(tái)后，開始挑戰(zhàn)軍方和司法系統(tǒng)。穆爾西于7月8日簽署共和國(guó)令，推翻了最高憲法法院的裁定以及軍方規(guī)定，要求被解散的議會(huì)恢復(fù)立法工作，直到選出新的議會(huì)。埃及最高憲法法院則針鋒相對(duì)地于3天后裁定，穆爾西的共和國(guó)令無(wú)效，中止執(zhí)行，并重申執(zhí)行此前解散議會(huì)的裁決。穆爾西也不甘示弱，于8月12日解除武裝部隊(duì)最高委員會(huì)主席、總參謀長(zhǎng)以及埃及海、防、空三軍司令等人職務(wù)，并宣布軍方此前頒布的《憲法補(bǔ)充聲明》無(wú)效。

埃及“阿拉姆在線”網(wǎng)23日分析稱，解散議會(huì)是過(guò)去幾個(gè)月來(lái)埃及最重大的爭(zhēng)議問(wèn)題。議會(huì)席位最多的穆斯林兄弟會(huì)聯(lián)合其他伊斯蘭黨派強(qiáng)烈反對(duì)最高法院判決。穆爾西上臺(tái)后下令恢復(fù)議會(huì)，但此舉在法律上存在缺陷，議會(huì)沒(méi)有恢復(fù)職能。

中東媒體普遍認(rèn)為，埃及最高行政法院現(xiàn)在裁決議會(huì)失去法律效力，明顯是向穆爾西叫板，這意味著埃及政治權(quán)力之爭(zhēng)再度白熱化。有分析認(rèn)為，在埃及，軍方、總統(tǒng)和司法系統(tǒng)分別占據(jù)政治博弈的獨(dú)立一極，如果說(shuō)以坦塔維等人為代表的軍方是穆巴拉克殘余勢(shì)力象征，那么司法系統(tǒng)則相對(duì)保持著獨(dú)立和公正的色彩，許多官員都是前朝老臣及資深法官和律師，盡管埃及聲勢(shì)浩大的“革命”推翻了穆巴拉克，粉碎其執(zhí)政班底，但并沒(méi)有撼動(dòng)和破壞埃及相對(duì)獨(dú)立和廉潔的司法體系。

穆斯林兄弟會(huì)的“自由和正義黨”法律委員會(huì)23日發(fā)表聲明，稱對(duì)最高行政法院的做法感到驚訝和意外，同時(shí)表示強(qiáng)烈反對(duì)這一裁決，“將采取一切法律手段進(jìn)行斗爭(zhēng)”。