但直至二次政黨輪替，陳水扁當(dāng)局都沒(méi)有實(shí)現(xiàn)對(duì)AIT“全面開(kāi)放”的諾言，美牛議題一直延燒到馬當(dāng)局執(zhí)政后，2009年10月臺(tái)美簽訂美牛輸臺(tái)議定書(shū)，引起民眾反彈，并一度造成馬當(dāng)局執(zhí)政危機(jī)。

AIT電文顯示，2010年1月21日，國(guó)民黨秘書(shū)長(zhǎng)金溥聰與AIT臺(tái)北辦事處長(zhǎng)司徒文會(huì)面時(shí)坦承，當(dāng)局對(duì)美牛問(wèn)題“做了不好的政治判斷”；金溥聰承諾，會(huì)協(xié)調(diào)解決臺(tái)北市的反美牛運(yùn)動(dòng)，也推薦美方采納公關(guān)專(zhuān)家范可欽的計(jì)劃，以爭(zhēng)取基層支持帶骨美牛進(jìn)口。

臺(tái)灣加油贊發(fā)言人殷瑋轉(zhuǎn)述金溥聰意見(jiàn)表示，他所指的“做了不好的政治判斷”，是指當(dāng)局低估了人民對(duì)美牛的反應(yīng)。至于所謂協(xié)調(diào)解決臺(tái)北市的反美牛運(yùn)動(dòng)，金是答應(yīng)轉(zhuǎn)達(dá)郝龍斌，楊蘇棣希望美國(guó)國(guó)旗受到尊重。蔡英文在2010年2月8日與司徒文會(huì)面時(shí)說(shuō)，“馬當(dāng)局對(duì)美牛問(wèn)題處理失當(dāng)，是幫了民進(jìn)黨”。