1991年，菲參議院廢除了菲美軍事基地協(xié)定。1998年，兩國簽署《訪問部隊(duì)協(xié)定》。根據(jù)這一協(xié)議，菲方允許美國在菲部署600名美軍士兵，并為美軍艦艇提供“有限期”靠岸補(bǔ)給。

自2002年開始，美國以反恐為名陸續(xù)向菲南部棉蘭老地區(qū)派駐數(shù)百名美軍士兵。美菲還經(jīng)常舉行軍事演習(xí)。今年3至4月，美菲將在南海舉行聯(lián)合軍演，美軍將指導(dǎo)和訓(xùn)練菲律賓海軍如何保衛(wèi)并重新奪回油氣田。