另一個問題是，北京、上海等地的考生權益來自于目前不平等的高考招生制度。據(jù)《北京日報》報道，2011年北京僅本科錄取率就高達58.2%，比高考大省山東、江蘇、廣東、湖北等高出10多個百分點，比湖南、安徽等高出20多個百分點。

這種不平等的教育權尤其體現(xiàn)在國家重點大學的錄取比例上。以2005年為例，清華大學、北京大學分配給北京的指標就有851個，分配給河南省的指標只有171個，如果以當年人口的占比而言，北京和河南考生被北大清華錄取的機會相差30倍。

為何在招生名額的分配上會有如此大的差距？一位接近教育部的人士告訴《中國新聞周刊》，教育部在推行隨遷子女就讀地高考改革時遇見的最大阻力就來自地方政府，但中央部屬院校的一半以上資金卻又要依仗地方政府。

《中國新聞周刊》查閱的北京市教委相關資料顯示，2008年北京市新評定的347個北京市重點建設的學科中，部屬高校159個，占45.8%。而1998年高教體制改革之后，北京有北京工商大學、北方工業(yè)大學等多所原部屬院校劃歸北京市管理。

這些原部屬院校劃歸北京管理之后的首要任務就是加大在北京地區(qū)的招生名額。以北方工業(yè)大學為例，這所全國招生的院校原本在北京地區(qū)的招生比例不到10%，但在1998年劃歸北京市管理之后，逐漸增加到40%，再到如今的70%以上。

一個很明顯的變化是，這些院校在劃歸北京之后，學校的建設資金獲取能力大大提高。這種利益互換的結果是，進一步鞏固了北京等地的教育資源“特權”。