1948年4月由于福建城工部事件，廈門黨組織和上級黨組織失去聯系，使工作受到影響。隨后黨組織即采取保留黨籍的措施，號召黨員通過家鄉(xiāng)的鄉(xiāng)親校友的可靠關系尋找當地黨組織關系，下鄉(xiāng)參加游擊戰(zhàn)爭，或通過本市其他地下黨的關系推薦介紹到農村參加游擊戰(zhàn)爭。黨組織先后于1948年七八月間，1949年一二月間，1949年4月廈門城工部停止活動后的四到八月間，分三次先后動員指導121位黨員(其中62位黨員是城工部各校支部委員和社團的骨干)，分批次先后到閩粵贛邊區(qū)黨委所屬閩西龍巖、永定地區(qū)；粵東大埔、梅縣、潮州地區(qū)；閩南的烏山地區(qū)；閩西南的安、南、永、德；安、南、同；泉州、惠安地區(qū)；南安詩山、金淘、碼頭地區(qū)；莆田、仙游地區(qū)以及浙南黨委所屬的溫州、麗水、臺州等14個地區(qū)，在當地黨組織安排和領導下，參加福建、廣東、浙江3個省邊區(qū)39個縣市的游擊戰(zhàn)爭。廈門城工部許多黨員成為閩西南區(qū)的骨干，如石益、鄭堅、力伯昌、陳育英、張克輝、陳炳章和優(yōu)秀共產黨員陳庚申烈士。
廈門城工部組織成立3年多的時間，是處在國民黨統治區(qū)游擊戰(zhàn)爭環(huán)境，國民黨統治的中心城市，白色恐怖的地下環(huán)境；是處在敵人心臟進行反包圍斗爭，又較長期遠離省委城工部領導機關的獨立作戰(zhàn)的秘密環(huán)境。尤其是在1948年4月之后，因城工部事件和省委城工部機關中斷聯系一年多的時間，我們緊緊依靠毛澤東思想，依靠廣大黨員干部群眾，發(fā)揚黨內民主，堅持集體領導，取得反破壞、反包圍、反迫害斗爭的一個又一個勝利。在三年多惡劣斗爭環(huán)境中，我們黨組織沒有受到破壞，沒有一個反革命，沒有一個叛徒。從1946年3月到1949年4月停止組織活動3年多的時間，廈門城工部先后吸收黨員184個，其中大學生126人，占黨員總數62％。成立兩屆黨的總支，20個黨的支部，還有革命群眾數百人，英勇犧牲的烈士3人。解放后受過黨和國家各級表彰的優(yōu)秀共產黨員、勞動模范、先進工作者39人。廳級、省部級以上的干部50多人，其中黨和國家領導人一人，海軍高級將領兩人，科學技術專家3人。如城工部市委常委陳準，他開創(chuàng)邊緣科學——水文考古與地震考古，使社會科學研究成果直接轉化為生產力，他撰寫的《地震考古》、《長江洪水最大年》，在1978年獲全國科學大會獎。還有參加過導彈發(fā)動機試驗基地，新疆核試驗基地的勘察設計，參加第一次原子彈試驗，多次立大功，榮獲高級工程師的陳壽松；有長期從事國防高科技研究和制作，1954年受國家派往蘇聯學習地對空導彈、雷達設計和制造，先后被任命為八機部航天航空部高級工程師并授予突出貢獻老專家稱號和副總設計師的王其揚教授；以及全國政協委員鄭晶瑩、鄭堅、彭騰云、林甘泉、張克輝和全國青年委員鄭鴻溪等。事實充分證明，廈門城工部黨組織是先進的黨組織，純潔的黨組織，經得起考驗的黨組織。
(王毅林 1941年10月加入中國共產黨，抗戰(zhàn)時期在文教新聞戰(zhàn)線上為黨工作。1947年4月后，歷任中共漳泉廈臨時工委書記、城工部廈門市委書記。新中國成立后，先后在福建省公安廳、廈門市教育局、文教辦工作，離休前任廈門市政協副主席）
