對于追究東電高層以及菅直人等前政府人員的刑事責任一事，富士電視臺2日評論稱，當時采取的安全對策和事故的嚴重程度有多大關聯度，將成為今后斷案的關鍵之處；《福島民報》則說，從事故預見的可能性、事故和傷害的因果關系等方面考慮的話，立案很困難。

然而，此前日本《產經新聞》及其旗下媒體曾不斷指責菅直人，認為“菅直人當時過多介入核電站事故指揮救災，反而導致核泄漏事故惡化”，他們呼吁“菅直人向日本國民謝罪”。

對于日本媒體的指責，菅直人也曾予以反駁和澄清。他在博客上發(fā)文，強調自己在核電站事故發(fā)生時采取了正確的措施，受到日本核電站事故擔當大臣細野豪志的支持。細野豪志在核事故發(fā)生時，擔任菅直人的助理，全程陪同菅直人應對和處理核危機。他公開擁護菅直人當時的做法，并稱“菅直人首相做到了很多首相根本做不到的事情”。

日本法律界人士稱，對前首相菅直人的起訴是“在事故發(fā)生后下達的指令、采取的措施不正確”，但是事故傷亡情況到底跟菅直人的命令有多大關系，還很不明確，因此菅直人等政府人士被追究刑事責任的可能性并不高。