檢方調查，陳水扁2008年后，指示辦公室幕僚陳心怡，將任職期間所持有的文書及機密資料，打包運到卸任后的辦公室。帶走的資料包括安全部門、防務部門、涉外部門等單位呈送給陳水扁的匯報，還有扁家人官司及敏感人物的司法文件檔案。

特偵組偵辦扁案過程中，兩度搜索扁辦及其寶徠住處，查扣部分被扁帶走的公文，后來扁辦主動要求馬辦拿回未被查扣的資料，馬辦也告發(fā)扁侵占公文；特偵組第三度搜索，三次共查扣102箱公文書，其中跟李登輝有關的密帳、隨扈筆錄等資料，還是陳水扁自己隨身攜回住處。

陳水扁雖辯稱各單位未要求繳回相關文書，且自己有權銷毀，即擁有處分權，不構成侵占；但特偵組協(xié)請33個部會會勘，確認公文機密等級及保密期限，就訊扁16次后，認定扁侵占、隱匿公務上持有的文書17375件，其中3419件屬機密。另外有他個人可處分的文書，特偵組并未起訴。

特偵組指出，侵占機密公文案的起訴書共三大冊、1221頁、120萬余字，因屬于機密，全部不公開，未來法院也將采秘密庭方式審理。