在辦案的同時，馬新宇還積極探索“刑事和解”工作機(jī)制，并促成了朝陽檢察院刑事和解辦公室的成立，使輕微刑事案件的辦理收到了良好的社會效果。

提起刑事和解，好像大部分人還是很陌生，刑事和解就是在犯罪發(fā)生后，經(jīng)過調(diào)解程序，使被害人與犯罪人直接洽談，協(xié)商解決刑事糾紛。

2002年，朝陽檢察院在全國率先改革輕傷害案件的處理方式，引入刑事和解機(jī)制，對符合條件的輕傷害案件的犯罪嫌疑人做不起訴的處理，最大限度減少了社會不穩(wěn)定因素，其成功經(jīng)驗在全市范圍內(nèi)推廣。

2006年開始，朝陽檢察院和中國政法大學(xué)訴訟學(xué)院研究院聯(lián)合開展“刑事和解與程序分流”項目研究，馬新宇作為項目的主要參與者，為推動刑事和解工作的制度化、規(guī)范化，促進(jìn)理論化成果向?qū)嵺`轉(zhuǎn)化做出了應(yīng)盡的努力。

2007年11月，朝陽檢察院刑事和解辦公室成立。

對于此項制度，馬新宇表示，從自己多年的辦案中發(fā)現(xiàn)，一些案件的加害人確實主觀惡性不大、情節(jié)輕微，屬于一時沖動犯罪，如果按照正常的訴訟程序進(jìn)行辦理，不但不利于修復(fù)社會關(guān)系，反而容易激化矛盾。刑事和解可以更好地維護(hù)社會和諧，在維護(hù)正義的同時，也注重讓加害人通過自我反省重新融入社會。

據(jù)了解，朝陽檢察院曾對該院辦理的刑事和解案件當(dāng)事人進(jìn)行調(diào)查回訪，加害人和被害人的滿意率分別為97%和100%。

自2006年馬新宇被任命公訴部門的副處長以來，她從一名普通干警到一名中層干部，工作角色發(fā)生了變化，馬新宇對自己的要求也更高了。

2008年2月16日，公訴三處成立，該處定位于輕刑快審處，主要負(fù)責(zé)辦理未成年人犯罪、輕傷害案件、殘疾人犯罪案件以及犯罪嫌疑人被取保候?qū)彽妮p微刑事犯罪案件。馬新宇作為該處的副處長，主要負(fù)責(zé)調(diào)研和教育培訓(xùn)工作。

作為副職，如何給自己一個準(zhǔn)確的定位無疑是重要的。對此，馬新宇的定位是：努力做好分管內(nèi)的事，輔助處長做好工作，個人在工作中要主動不被動，要有開拓創(chuàng)新的意識。

馬新宇說，副職是正職與大家溝通的橋梁，起著承上啟下的作用，既要把正職的意見和要求貫徹、布置下去，同時還要把大家的意見收集、反饋上來，達(dá)到溝通的目的。