所以，南科大未來的走向，一方面取決于國家教改的走向，另一方面取決于深圳市政府與南科大的關系。如果國家教改能按照教改綱要的精神，切實推動，那么，轉正之后的南科大，還有自主招生、自授學位的可能性。因為按照綱要精神，要落實和擴大學校的辦學自主權，其中就包括學位授予權，只要國家修訂學位條例，明確自授學位的條件，同時建立全新的學歷學位認證體系，不但為南科大的改革提供了可行的制度環(huán)境，也給所有高校的改革，提供了全新的空間。

而深圳政府與南科大的關系，則體現(xiàn)在南科大章程的制訂中。在筆者看來，轉正之際的南科大，應當給社會交出的一份最好答卷是，一份可以作為范本的大學章程。這遠比南科大的校舍、師資，以及找到一個接班人更為重要。深圳和南科大應在目前的南科大管理暫行辦法基礎上，進一步制訂南科大章程，并納入立法程序。這也是朱校長在卸任之前，應該努力攻克的。當有了南科大章程，政府、學校、教師、學生的權責明晰，大學理事會、大學校長的遴選、大學內部的行政權和教育權、學術權，就都有了明確規(guī)范，一所學校的走向，不因校長的變化而變化，一所學校的文化，由于制度的維護而傳承，這樣的大學，未來就值得期待。